Dedup count
The deduplicated UMI counts are saved uniformly in {method}_dedup.txt.
The column name means the round of permutation, e.g. pn0 means the 1st round of permutation with respect to a certain sequencing condition, e.g. sequencing errors from 0.000001 to 0.1.
pn0 pn1 pn2 pn3 pn4 pn5 pn6 pn7 pn8 pn9
50 50 50 50 50 50 50 50 50 49
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50
51 51 51 51 51 51 51 51 51 51
51 51 51 51 51 51 51 51 51 51
51 51 51 51 51 51 51 52 51 51
51 51 51 51 51 51 52 51 51 51
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50
51 51 51 51 51 51 51 51 51 51
50 50 51 50 51 51 50 51 51 50
51 51 51 51 51 51 51 51 51 51
51 51 51 51 51 51 51 51 51 51
In set_cover_multi_len_split_by_mv_dedup.txt, each cell means in each condition (e.g. at sequencing error rate 0.001) how many times are needed for set covering UMIs, with each element separated by ; meaning how many steps are needed to merge UMIs each time.
pn0 pn1 pn2 pn3 pn4 pn5 pn6 pn7 pn8 pn9
1;1;1;1 1;1;1;1 1;1;1 1;1;1 1;1;1 1;1 1;1;1 1;1;1 1;1;1;1 1;1;1
1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1 2;1;1;1 2;1;1;1 1;1;1;1 1;1;1;1;1 1;1;1;1;1 1;1;1;1;1;1 1;1;1;1;1
2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 2;2;1;1;1;1;1;1;1;1 2;2;1;1;1;1;1;1;1;1 2;1;1;1;1;1;1;1;1;1 2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
...
138;130;126;126;124;120;119;117;115;114;112;112;111;110;110;110;110;109;109;107;107;106;106;105;103;102;100;100;99;97;91;91;90;89;89;86;85;75;73;70;70;63;63;57;56;45;44;41;35;27;5;5;5;5;5;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
Below shows how many unique UMIs are or are not solved by set cover. Their combination means the total count of unique UMIs after set cover deduplication.
pn0 pn1 pn2 pn3 pn4 pn5 pn6 pn7 pn8 pn9
4.0 4.0 3.0 3.0 3.0 2.0 3.0 3.0 4.0 3.0
6.0 6.0 5.0 4.0 4.0 4.0 5.0 5.0 6.0 5.0
12.0 12.0 11.0 10.0 10.0 10.0 11.0 10.0 12.0 11.0
16.0 16.0 14.0 14.0 13.0 14.0 15.0 14.0 16.0 15.0
20.0 19.0 18.0 18.0 17.0 18.0 19.0 18.0 20.0 19.0
32.0 31.0 31.0 31.0 30.0 31.0 31.0 31.0 33.0 32.0
40.0 39.0 40.0 40.0 39.0 39.0 39.0 39.0 39.0 40.0
48.0 48.0 48.0 48.0 48.0 48.0 48.0 48.0 48.0 48.0
49.0 49.0 49.0 49.0 49.0 49.0 49.0 49.0 49.0 49.0
50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0
50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0
50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0
50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0 50.0
52.0 51.0 52.0 51.0 51.0 51.0 52.0 53.0 50.0 51.0
64.0 63.0 60.0 64.0 60.0 62.0 57.0 61.0 55.0 62.0
91.0 95.0 97.0 97.0 88.0 104.0 88.0 76.0 91.0 87.0
155.0 154.0 144.0 146.0 161.0 143.0 168.0 156.0 154.0 149.0
519.0 544.0 571.0 558.0 522.0 551.0 539.0 533.0 555.0 557.0
pn0 pn1 pn2 pn3 pn4 pn5 pn6 pn7 pn8 pn9
46.0 46.0 47.0 47.0 47.0 48.0 47.0 47.0 46.0 47.0
44.0 44.0 45.0 46.0 46.0 46.0 45.0 45.0 44.0 45.0
38.0 38.0 39.0 40.0 40.0 40.0 39.0 40.0 38.0 39.0
34.0 34.0 36.0 36.0 37.0 36.0 35.0 36.0 34.0 35.0
30.0 31.0 32.0 32.0 33.0 32.0 31.0 32.0 30.0 31.0
18.0 19.0 19.0 19.0 20.0 19.0 19.0 19.0 17.0 18.0
10.0 11.0 10.0 10.0 11.0 11.0 11.0 11.0 11.0 10.0
2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0
1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
3.0 3.0 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 0.0 1.0 2.0
4.0 6.0 4.0 4.0 6.0 3.0 2.0 2.0 2.0 4.0
8.0 7.0 10.0 8.0 5.0 9.0 9.0 7.0 7.0 8.0
49.0 51.0 56.0 50.0 55.0 44.0 51.0 59.0 56.0 53.0
153.0 149.0 175.0 172.0 169.0 163.0 161.0 165.0 165.0 160.0
328.0 331.0 328.0 313.0 336.0 334.0 343.0 339.0 334.0 358.0
467.0 455.0 463.0 472.0 482.0 483.0 451.0 460.0 516.0 501.0
1002.0 975.0 918.0 933.0 960.0 933.0 995.0 969.0 964.0 919.0
Read UMI trajectory files¶
The UMI trajectories across PCR amplification cycles are represented to be in a Python multiple dimensional dictionary. From outer to inner, the keys stand for:
Permutation number sequencing condition :material-arrow-ri ght-thin: connected component UMI that are merging other UMIs tuple (1. origin (UMI identity before PCR amplification); 2. merged UMIs that have the same origin; 3. merged UMIs that originate differently.
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